Historie katedry biologických disciplín sahá až do doby samotného vzniku zemědělské fakulty. V průběhu její existence došlo několikrát k změně názvu, nejprve v 70. letech na  katedru rybářství a ochrany přírody, posléze (v roce 1991) na katedru ekologie. Postupem doby se z této katedry oddělily některé samostatné obory (v roce 2002 pozemkové úpravy a převody nemovitostí a rybářství). V roce 2006 v rámci restrukturalizace fakulty z katedry ekologie odešli dva pracovníci (jeden pedagog a jeden technik) na nově vytvořenou katedru agroekologie, a jeden pedagog na katedru rybářství a myslivosti. Poté byl pracovišti vrácen původní název katedra biologických disciplín, nejlépe vystihující obsahovou náplň činnosti katedry.

Od roku 2006 katedra garantuje studijní obor BOZO ( Biologie a ochrana zájmových organismů ) a od školního roku 2009/2010 také navazující magisterský stupeň tohoto studijního oboru.